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高起始量帶分子標簽的DNA-Seq分析

2021-04-27文章來源：takarabiomed

高起始量帶分子標簽的DNA-Seq分析

ThruPLEX^® Tag-Seq HV & ThruPLEX^® Tag-Seq HV PLUS Kit

· 更可靠的DNA-Seq分析：文庫中整合了離散且均衡的分子標簽（UMIs），提供更可靠的數據表現！
· 兼容更高起始量的多種樣本：5至200 ng FFPE DNA、cfDNA起始，30 μl建庫體積，無需濃縮樣本！
· 刪繁就簡：單管三步操作流程，2 h內完成Illumina文庫構建！
· 一致高效：無畏起始量差異，高實驗重復性、更均一的文庫覆蓋度，高GC含量區域偏差更??！
· 更適合于稀有突變分析，減少擴增誤差及測序錯誤！
· ThruPLEX^® Tag-Seq HV PLUS Kit包含酶切片段步驟，提供完整文庫構建流程!

ThruPLEX^®Tag-Seq HV產品說明

目前，將NGS用于正確檢測低頻突變的關注度逐漸上升。各領域科研人員正在突破稀有突變檢測靈敏度與特異性的瓶頸，而這些問題主要是由樣品準備、擴增偏差及測序錯誤所引起的。而向Illumina文庫添加特有的分子標簽（Unique Molecular Identifiers, UMIs）與特有的雙端index(Unique Dual Indexes, UDIs)，能有效改善稀有突變檢測的準確性。出于文庫制備與測序質量直接相關的考慮，我們特別優化推出了接頭上帶UMIs及整合UDIs的全新產品——ThruPLEX Tag-Seq HV試劑盒。該產品保留了單管流程、操作簡便的特點，支持5至200 ng input DNA起始用于稀有變異分析！

正確的樣本數據回溯、更小的手動操作誤差，科研人員再不用擔心珍貴樣本損失了！

■ 來自UMIs的“助攻”

ThruPLEX Tag-Seq HV在莖環形接頭上引入了離散的UMIs，文庫中每個DNA分子有144種可能的標簽組合，漢明間距超過6，具有高度的差異性。我們特別設計了UMI序列，以使序列顏色分布達到平衡，在Illumina平臺上能獲得更好的測序數據。我們也謹慎調整了各UMI接頭的濃度，以使144種序列組合在各種DNA起始量都能均勻展現，減少偏差。

由7位堿基所組成的UMIs位于reads的開始位置，能夠”Tag”到DNA模板上，用于識別一致序列，減少擴增或者測序錯誤帶來的假陽性突變。

這種特別優化的UMIs設計，確保了更簡便的樣本demultiplexing過程，分析更容易！

■ “抓住”游離DNA，“揪出”稀有突變

游離DNA（cfDNA）是由細胞凋亡后所釋放，游離于體液中的DNA片段。對cfDNA的測序分析具有較大難度，特別是涉及腫瘤學研究中的稀有突變分析時。
Takara科學家采用ThruPLEX Tag-Seq HV對10 ng起始的Quan-Plex Patient-Like ctDNA標準品（AccuRef）構建文庫，該ctDNA(循環腫瘤DNA)標準品帶有一系列特征化的不同頻率（0%，1%，5%）突變位點。文庫構建完成后，腫瘤相關的基因采用IDT xGEN Pan Cancer Panel進行捕獲富集。結果顯示，目標區域的捕獲高效可靠，10 ng起始的DNA樣本約有79%的reads來自或者接近目標區域。

上表數據顯示，由坐標法或UMIs去除重復reads后的目標區域平均覆蓋度是相似的，與Picard MarkedDuplicates所報道的PCR duplication結果一致。
隨后，Takara科學家用UMIs鑒定了ctDNA標準品中特定位點的實際突變頻率，結果顯示，檢測到的突變頻率分別與預期1%、5%的等位突變頻率接近，而陰性對照組沒有在位點處檢測到任何突變。

如果采用未去重的文件或僅用坐標法去重的文件，會檢測出大量的超過0.5%等位基因頻率的不一致突變。而UMIs引入、校正后，相應突變體的數量變少了，結果的正確性進一步提升，顯示出UMIs在降低擴增及測序錯誤上的重要作用。

更具代表性的是，使用未去重或者僅用坐標法去重的文件分析，在預期的EGFR L858R突變附近觀察到大量的低頻及隨機等位基因頻率突變。而用UMI校正、過濾后的一致性序列reads，清除了假陽性突變，得到了預期的突變分析結果！

ThruPLEX^®Tag-Seq HV PLUS Kit產品說明

ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit是在ThruPLEX Tag-Seq HV的基礎上，整合了ThruPLEX HV PLUS Enzymatic Fragmentation Module的完整文庫構建試劑盒。ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit保留了ThruPLEX HV的顯著功能，并且無需在文庫制備之前進行任何機械打斷或單獨的酶切片段化處理，從而實現了性能和速度的充分結合！

ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit流程概要

產品詳情請點擊：

更多實驗數據：

ThruPLEX Tag-seq HV

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